Ogrzewanie podłogowe elektryczne ma jednak swoje wady, a najważniejszą z nich będzie zdecydowanie cena instalacji. Nie liczymy przy tym samej ceny elementów grzewczych i wykonania przyłączy. Aby system działał prawidłowo i całkowicie mógł zastąpić grzejniki, dom powinien być skrojony pod jego potrzeby, co w przypadku remontu będzie bardzo kosztowne. Musimy zadbać o jak najlepszą termoizolację budynku i co więcej, odpowiednio przygotować też posadzki. Niezbędna będzie np. folia do ogrzewania podłogowego lub
styropian pod ogrzewanie podłogowe. Zwróćmy też uwagę na to, że w razie awarii zmuszeni zostaniemy do całkowitego zerwania instalacji, co zwiększa koszty eksploatacji.