Po pobraniu aplikacji Autopay należy uzupełnić dane pojazdu (marka, model, numer rejestracyjny) podstawowe dane kierowcy (adres e-mail, numer telefonu komórkowego) oraz wybrać odpowiednią dla siebie metodę płatności. Może to być karta płatnicza, „Zapłać z Play” lub automatyczne pobieranie płatności z banku (ta opcja jest dostępna w wybranych bankach: Alior Bank, Envelo Bank, ING Bank Śląski, Bank Millennium, Bank Pekao, SGB Banki Spółdzielcze, Santander Bank). Aplikacja na autostrady jest zintegrowana także z systemem Yanosik.pl. Producenci aplikacji na swojej stronie internetowej informują, że lista partnerów będzie sukcesywnie powiększana. W aplikacji można zaznaczyć, za które odcinki autostrad Autopay może pobierać opłaty automatycznie.